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La Biblioteca Universitaria di Pisa fu aperta al pubblico nel 1742 nei locali situati sotto la Specola astronomica in via Santa Maria, attualmente sede della Domus Galilaeana. Sin dal 1823 ha avuto sede nel palazzo quattrocentesco della Sapienza di cui occupava le ali poste a nord-ovest del piano nobile, dove erano situati i locali destinati all'utenza, le sale di consultazione e gli uffici, e le ali a sud-ovest del secondo piano, adibite a magazzini librari.I locali della Biblioteca rinnovati e modernizzati non erano particolarmente significativi dal punto di vista artistico ed architettonico, tranne le due sale storiche, Sala Lettura e Sala Riservata, che avevano mantenuto le originarie scaffalature lignee.Dopo la chiusura delle sede risalente a Maggio 2012 (terremoto dell'Emilia) , l'Università ha realizzato i propri lavori di ristrutturazione, mentre la Biblioteca ha intrapreso i lavori di adeguamento funzionale delle sale e degli spazi per il pubblico e il personale (dati aggiornati al 2023).Attualmente la sala studio ed i servizio di consultazione e prestito bibliotecario vengono svolti presso la sede di Piazza San Matteo in Soarta 2.Il primo nucleo librario fu costituito dalla biblioteca privata del Prof. Giuseppe Averani (1662-1738) ricevuto per disposizione testamentaria.Il nucleo originario fu accresciuto, negli anni successivi, con lasciti, doni di privati e con lo smembramento delle biblioteche delle Corporazioni religiose soppresse.Risale al 1757 l’acquisto di circa seimila volumi appartenuti all’erudito fiorentino Anton Francesco Gori di interesse archeologico e antiquario. Ulteriore acquisizione settecentesca fu il piccolo ma prezioso fondo dell’Orto Botanico.Ottocenteschi sono i fondi importanti e pregevoli tra i quali ricordiamo i manoscritti dell'egittologo Ippolito Rosellini (direttore della biblioteca dal 1835 al 1843), i numerosi volumi acquisiti per disposizione testamentaria del Provveditore dell’Università Angelo Fabroni, il fondo costituito a proprie spese da Giuseppe Piazzini dal 1820 al 1832, periodo in cui tenne la direzione della biblioteca, la raccolta filologica di Michele Ferrucci (direttore della biblioteca dal 1848 al 1881), le più recenti biblioteche scientifiche di Filippo Corridi e Sebastiano Timpanaro, le collezioni mediche di Diomede Buonamici e Antonio Feroci e la raccolta storico-letteraria del Prof. Alessandro D'Ancona.