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Alla sua nascità l'osservatorio, fondato dal padre gesuita Leonardo Ximenes nel 1756, si occupava sopratutto di astronomia e idraulica, ma presto, con il passaggio ai padri Scolopi (1773) si orientò verso studi di meteorologia e sismologia. Alla fine del 1700 e nei primi anni del 1800 furono condotti studi matematici e cartografici di grande importanza, che portarono tra l'altro alla realizzazione della Carta Geometrica della Toscana (1). Gli studi proseguono ancora oggi attivamente e il laboratorio opera rilevamenti di carattere meteorologico e fa parte della Rete Sismica dell'Istituto Nazionel dei Geofisica e Vulcanologia.